Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress
Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress.
The data set contains Tiff Z-stacks from light-grown hypocotyls and cotyledons of cortical microtubule (CMT) reporter lines either with few or no ablated cells from a time series experiment. This data set was analyzed with a new semi-automated image analysis workflow we have developed to quantify CMTs reorganization in individual cells following an ablation (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow).
The dataset in the zip file was analyzed using the scripts on GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). A step by step describes and explains all the scripts of the image analysis procedure. The intermediate data generated by the analysis method can be found on zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075).
The documentation file Example_2D_Image.tif gives a visual representation from a typical z-stack.
Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow).
Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075).
Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack.
2023-11-16T13:02:22.147059Z
2023-05-10T10:49:17.488981Z
Elsa Demes
Stéphane Verger
Stéphane Verger
Stéphane Verger
Cell Biology
Cellbiologi
Developmental Biology
Utvecklingsbiologi
Plant Biotechnology
Växtbioteknologi
Biological Sciences
Biologi
Agricultural Biotechnology
Bioteknologi med applikationer på växter och djur
Natural Sciences
Naturvetenskap
Agricultural and Veterinary sciences
Lantbruksvetenskap och veterinärmedicin
ablation
ablation
Arabidopsis thaliana
Arabidopsis thaliana
microtubule
mikrotubuli
hypocotyl
hypokotyl
Swedish University of Agricultural Sciences
Sveriges lantbruksuniversitet