Proteomanalys av phycobiliprotein-antenner hos kryptofyt-algen Guillardia theta som odlades under olika ljusförhållanden
Proteomic analysis of the phycobiliprotein antenna of the cryptophyte alga Guillardia theta cultured under different light intensities
ext1130-1-1
Finns inte
Swedish National Data Service
Svensk nationell datatjänst
Landing page
Proteomanalys av phycobiliprotein-antenner hos kryptofyt-algen Guillardia theta som odlades under olika ljusförhållanden
Proteomic analysis of the phycobiliprotein antenna of the cryptophyte alga Guillardia theta cultured under different light intensities
ext1130-1-1
Finns inte
Kieselbach, Thomas
Kieselbach, Thomas
Funk, Christiane
Funk, Christiane
Green, Beverley
Green, Beverley
Cheregi, Otilia
Cheregi, Otilia
Swedish National Data Service
Svensk nationell datatjänst
2019-11-25
Landing page
Proteomics
Proteomik
botany
botanik
Photosynthesis
Fotosyntes
Cryptophyta
Cryptophyta
Microalgae
Mikroalger
Energy resources
Energiresurser
biology
biologi
Biochemistry
Biokemi
Phytoplankton
Fytoplankton
Plant Physiological Phenomena
Växtfysiologi
Genomics
Genomik
Carbohydrate Metabolism
Kolhydratmetabolism
Phototrophic Processes
Fototropa processer
Metabolic Networks and Pathways
Metabola nätverk och banor
Photochemical Processes
Fotokemiska processer
Eukaryota
Eukaryota
Metabolism
Ämnesomsättning
Genetics
Genetik
Biochemical Phenomena
Biokemiska fenomen
Biological Science Disciplines
Biovetenskaper
Chemistry
Kemi
Plankton
Plankton
Computational Biology
Beräkningsbiologi
Chemical Phenomena
Kemiska fenomen
Biology
Biologi
Natural Science Disciplines
Naturvetenskaper
Informatics
Informatik
Aquatic Organisms
Vattenorganismer
Information Science
Informationsvetenskap
Oceans and Seas
Oceaner och hav
Organism Forms
Organismernas livscykel
Geographic Locations
Geografiska namn
Seawater
Havsvatten
Geological Phenomena
Geologiska fenomen
Physical Phenomena
Fysiska fenomen
Saline Waters
Saltvatten
Environment
Miljö
Environment and Public Health
Miljö och folkhälsa
Ecological and Environmental Phenomena
Fenomen inom ekologi och miljö
Biological Phenomena
Biologiska fenomen
SCIENCE AND TECHNOLOGY
VETENSKAP OCH TEKNOLOGI
Natural Sciences
Naturvetenskap
Chemical Sciences
Kemi
Biological Sciences
Biologi
Biochemistry and Molecular Biology
Biokemi och molekylärbiologi
Botany
Botanik
Biota
Biologi och ekologi
Plants and algae have developed various light-harvesting mechanisms for optimal delivery of excitation energy to the photosystems. Cryptophyte algae have evolved a novel soluble light-harvesting antenna utilizing phycobilin pigments to complement the membrane-intrinsic Chl a/c-binding LHC antenna. This new antenna consists of the plastid-encoded β-subunit, a relic of the ancestral phycobilisome, and a novel nuclear-encoded α-subunit unique to cryptophytes. Together, these proteins form the active α1β·α2β-tetramer.
In all cryptophyte algae investigated so far, the α-subunits have duplicated and diversified into a large gene family. Although there is transcriptional evidence for expression of all these genes, the X-ray structures determined to date suggest that only two of the α-subunit genes might be significantly expressed at the protein level.
Using proteomics, we show that in phycoerythrin 545 (PE545) of Guillardia theta, the only cryptophyte with a sequenced genome, all 20 α-subunits are expressed when the algae grow under white light. The expression level of each protein depends on the intensity of the growth light, but there is no evidence for a specific light-dependent regulation of individual members of the α-subunit family under the growth conditions applied. GtcpeA10 seems to be a special member of the α-subunit family, because it consists of two similar N- and C-terminal domains, which likely are the result of a partial tandem gene duplication.
The proteomics data of this study have been deposited to the ProteomeXchange Consortium and have the dataset identifiers PXD006301 and 10.6019/PXD006301.
The dataset contains all 45 raw data files from the mass spectrometry analysis (LC-MS/MS) of the cultures of the alga Guillardia theta, which were analyzed in this study. These files have Waters raw format and can be processed with commercial software such as ProteinLynx Global server 3.0 and Mascot Distiller 2.5. The algae, which were grown under optimal light, were analyzed in the NL-series. The algae, which were grown under high light intensity, were analyzed in the HL-series, and the algae, which were grown under low light intensity, were analyzed in the LL-series. The details of the growth conditions are described in doi: 10.1007/s11120-017-0400-0. Each series of samples contained five biological replicates, of which each was analyzed in triplicate. In total, 45 samples were analyzed. In addition to the raw data files, the dataset contains the peaklist-files (PKL, text file), which were used for the database searches using the Mascot search engine and the mzid-files (XML files) of the individual database searches. The dataset includes also the fast-files of the sequence databases, which were used for the database searches (text files). The other data of this study are not included in this dataset.
An important scientific application of these data in this study is providing experimental evidence for the expression of the phycobili antenna proteins of Guillardia theta and a tool for correcting and optimizing their gene models.
Växter och alger har utvecklat olika ljusskördningsmekanismer för optimal leverans av excitationsenergi till fotosystemen. Kryptofytalger har utvecklat en ny löslig ljusuppsamlingsantenn som använder phycobilinpigment för att komplettera den membranlokaliserade Chl a / c-bindande LHC-antennen. Denna nya antenn består av den plastidkodade ß-subenheten, en relik från förfädernas phycobilisome och en ny kärnkodad α-underenhet som är unik för kryptofyter. Tillsammans bildar dessa proteiner den aktiva a1p · α2β-tetrameren.
I alla hittills undersökta kryptofytalger har a-subenheterna duplicerat och diversifierats till en stor genfamilj. Även om det finns transkriptionella bevis för expression av alla dessa gener, antyder de röntgenstrukturer som hittills bestämts att endast två av α-underenhetsgenerna uttrycks signifikant på proteinnivån.
Med proteomik visar vi att i phycoerythrin 545 (PE545) av Guillardia theta, den enda kryptofyten med ett sekvenserat genom, uttrycks alla 20 a-subenheter när algerna växer under vitt ljus. Uttrycksnivån för varje protein beror på intensiteten hos tillväxtljuset, men det finns inga bevis för en specifik ljusberoende reglering av enskilda medlemmar i a-underenhetsfamiljen under de tillväxtbetingelser som används. GtcpeA10 verkar vara en speciell medlem av a-underenhetsfamiljen, eftersom den består av två liknande N- och C-terminala domäner, som troligen är resultatet av en partiell tandemgenduplikation.
Proteomikdatan från denna studie har deponerats till ProteomeXchange Consortium och har datasidentifierarna PXD006301 och 10.6019 / PXD006301.
I dataset ingår alla 45 rådatafiler från masspektrometrianalysen (LC-MS/MS) av de kulturer från algen Guillardia theta som undersöktes i studien. Dessa filer har Waters raw-format och kan processas med kommersiell mjukvara som t.ex. ProteinLynxGlobalServer 3.0 och Mascot Distiller 2.5. De alger som odlades under ljus med optimal intensitet analyserades i NL-serien. De alger som odlades under ljus med hög intensitet analyserades i HL-serien, och de alger som odlades under ljus med låg intensitet analyserades i LL-serien. De odlingsförhållanden som användes beskrivs i doi: 10.1007/s11120-017-0400-0. I varje serie ingår fem biologiska replikat, varav varje biologisk replikat analyserades i sin tur tre gånger. Totalt analyserades 45 prover. Dessutom ingår i datasetet peaklist-filerna (PKL, text-filer) som användes för databassökningarna med Mascot-sökmaskinen och mzid-filerna (XML-filer) från de enskilda databassökningarna. De sekvensdatabaser som användes till databassökningarna bifogas som fasta-filer (text-filer). De övriga data som ingår denna studie finns inte med i detta dataset.
En viktig vetenskaplig tillämpning av dessa data i denna studie är att tillhandahålla experimentellt bevis för uttryck av phycobili-antennproteiner hos Guillardia theta och ett verktyg för att korrigera och optimera deras genmodeller.
Other
Övrigt
Other
Övrigt
Other
Övrigt
Access to data through an external actor. Data are freely accessible.
Åtkomst till data via extern aktör. Data är fritt tillgängliga.