Olika mönster mellan genetisk variation och lokal anpassning hos tall

Skapare/primärforskare

David Hall - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Jenny Olsson - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap

Wei Zhao - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Johan Kroon - Skogforsk

Ulfstand Wennström - Skogforsk

Xiao-Ru Wang - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Beskrivning

I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans.

Ämnesområde

Bioinformatik (beräkningsbiologi), Genetik, Evolutionsbiologi, Skogsvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Biologi och ekologi, Geovetenskap, Miljö, Positionering (INSPIRE ämnesklassificering)

Nyckelord

genetic population structure, population structure, population genetics, Naturtyper och biotoper, Arters utbredning, GBS, Pinus sylvestris, Tall

Karta

Huvudman

Umeå universitet

Ansvarig institution/enhet

Skapare/primärforskare

David Hall - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Jenny Olsson - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap

Wei Zhao - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Johan Kroon - Skogforsk

Ulfstand Wennström - Skogforsk

Xiao-Ru Wang - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Identifierare

SND-ID: 2020-208

Beskrivning

I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans.

Språk

Engelska

Tidsperiod(er) som undersökts

1985 — 2017

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Nordeuropa

Geografisk beskrivning: Datat kommer från tallfrö som insalmlats i Norge, Sverige, Finland, Archangelsk- och Komi- regionerna i Ryssland

Ämnesområde

Bioinformatik (beräkningsbiologi), Genetik, Evolutionsbiologi, Skogsvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Biologi och ekologi, Geovetenskap, Miljö, Positionering (INSPIRE ämnesklassificering)

Nyckelord

genetic population structure, population structure, population genetics, Naturtyper och biotoper, Arters utbredning, GBS, Pinus sylvestris, Tall

Tillhörande dokumentation

Data description and analysis_Bookmarks.pdf

Data description and analysis_Archive.pdf

Ladda ner metadata

Publikationer

Hall et al. 2021. Divergent pattern between phenotypic and genetic variation in Scots pine. Plant Communications
DOI: https://doi.org/10.1016/j.xplc.2020.100139

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Version 1

2021-01-29
https://doi.org/10.5878/8bg9-ah89

Ladda ner citering

Ladda ner data

All_individuals_935.vcf.gz (58.86 MB)

Licens

Creative Commons Erkännande-Dela Lika 4.0 Internationell (CC BY-SA 4.0)

Dataset 1

935 genotyper från 24 populationer av tall från Norra Europa

Citeringsförslag

David Hall. Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap (2021). <em>935 genotyper från 24 populationer av tall från Norra Europa</em>. Svensk nationell datatjänst. Version 1. <a href="https://doi.org/10.5878/8bg9-ah89">https://doi.org/10.5878/8bg9-ah89</a>

Skapare/primärforskare

David Hall - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Beskrivning

Basparsvarianter för 935 Pinus sylvestris baserat restriktionsezyms sekvensering på Illumina HiSeq X platform. Textfil i form av gzipped vcf (.vcf.gz). Se "pheno_pop.txt" för information om varje individ.

Nyckelord

genetic population structure, population structure, population genetics, GBS, Tall, Pinus sylvestris

Dataformat / datastruktur

Text

Variabler

11039

Version 1

2021-01-29
https://doi.org/10.5878/rjzz-jk23

Ladda ner citering

Ladda ner data

Unrelated_individuals_746.vcf.gz (47.33 MB)

Licens

Creative Commons Erkännande-Dela Lika 4.0 Internationell (CC BY-SA 4.0)

Dataset 2

746 obesläktade genotyper från 24 olika populationer av tall från Norra Europa

Citeringsförslag

David Hall. Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap (2021). <em>746 obesläktade genotyper från 24 olika populationer av tall från Norra Europa</em>. Svensk nationell datatjänst. Version 1. <a href="https://doi.org/10.5878/rjzz-jk23">https://doi.org/10.5878/rjzz-jk23</a>

Skapare/primärforskare

David Hall - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Beskrivning

Text fil enligt vcf format som är komprimerad med GNU zip (.vcf.gz). Se "pheno_pop.txt" för information om varje individ.

Nyckelord

genetic population structure, population structure, population genetics, GBS, Tall, Pinus sylvestris

Dataformat / datastruktur

Text

Variabler

10925

Version 1

2021-01-29
https://doi.org/10.5878/0msc-3v36

Ladda ner citering

Ladda ner data

pheno_pop.txt (20.54 KB)

Licens

Creative Commons Erkännande-Dela Lika 4.0 Internationell (CC BY-SA 4.0)

Dataset 3

Normaliserade skadegraden från frystest hos varje genotypad fröplanta

Citeringsförslag

David Hall. Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap (2021). <em>Normaliserade skadegraden från frystest hos varje genotypad fröplanta</em>. Svensk nationell datatjänst. Version 1. <a href="https://doi.org/10.5878/0msc-3v36">https://doi.org/10.5878/0msc-3v36</a>

Skapare/primärforskare

David Hall - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Beskrivning

Den uppmätta normaliserade skadegraden hos varje fröplanta efter exponering för köld. Innehåller även populationsnummer och såddnummer.

Nyckelord

genetic population structure, population structure, population genetics, GBS, Tall, Pinus sylvestris

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Text

Variabler

4

Version 1

2021-01-29
https://doi.org/10.5878/45yn-ag55

Ladda ner citering

Ladda ner data

pop_env.txt (39.57 KB)

Licens

Creative Commons Erkännande-Dela Lika 4.0 Internationell (CC BY-SA 4.0)

Dataset 4

Miljövariabler och koordinater för varje population

Citeringsförslag

David Hall. Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap (2021). <em>Miljövariabler och koordinater för varje population</em>. Svensk nationell datatjänst. Version 1. <a href="https://doi.org/10.5878/45yn-ag55">https://doi.org/10.5878/45yn-ag55</a>

Skapare/primärforskare

David Hall - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Beskrivning

Miljövariablerna extraherades för varje population från miljöskikt med hög spatial upplösning, baserat på deras populationerna härkomstslatitud och -longitud. Dessa variabler användes sedan för fenotyp- och genotyp-miljöassociationsanalyser. En beskrivning av alla variabler finns i Tabell S2 i “Document S1. Supplemental methods, Supplemental Figures 1–4, and Supplemental Tables 1–6.”, tillgänglig från doi.org/10.1016/j.xplc.2020.100139

Nyckelord

genetic population structure, population structure, population genetics, GBS, Tall, Pinus sylvestris

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Text

Variabler

72

Version 1

2021-01-29
https://doi.org/10.5878/7pt2-ja36

Ladda ner citering

Ladda ner data

freeze_res.txt (650.78 KB)

Licens

Creative Commons Erkännande-Dela Lika 4.0 Internationell (CC BY-SA 4.0)

Dataset 5

Resultatsprotokoll från frystet av fröplantorna

Citeringsförslag

David Hall. Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap (2021). <em>Resultatsprotokoll från frystet av fröplantorna</em>. Svensk nationell datatjänst. Version 1. <a href="https://doi.org/10.5878/7pt2-ja36">https://doi.org/10.5878/7pt2-ja36</a>

Skapare/primärforskare

David Hall - Umeå universitet, Ekologi Miljö och Geovetenskap orcid

Beskrivning

Fröplantornas skadegrad (Damage) skattades till ett värde mellan 0 (ingen skada) till 6 (död) denna skadegrad normaliserades sedemera med ranknormalisering (DamageN) över alla replikat (Repl).

Nyckelord

genetic population structure, population structure, population genetics, GBS, Tall, Pinus sylvestris

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Text

Variabler

18

Publicerad: 2021-01-29