A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments

SND-ID: 2020-90

Beskrivning Data och dokumentation

Skapare/primärforskare

Elena Ambrosetti - Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik - Avdelningen för biomaterial

Beskrivning

De flesta proteiner vid plasmamembranet är inte jämnt fördelade men lokaliseras till dynamiska nanodomäner. För att undersöka deras funktionella relevans finns det ett behov av metoder som möjliggör omfattande analys av kompositionerna och rumsliga organisationerna av membranprotein-nanodomäner i cellpopulationer. Här beskriver vi utvecklingen av en icke-mikroskopibaserad metod för ensembleanalys av membranprotein-nanodomäner. Metoden, benämnd NANOscale DEciphEring of membrane Protein nanodomains (NanoDeep), baseras på användningen av DNA-nano assemblies för att översätta information om membranproteinorganisation till en DNA-sekvenseringsavläsning. Med hjälp av NanoDeep karakteriserade vi nano-miljöerna hos Her2, en membranreceptor av kritisk relevans vid cancer. NanoDeep har potential att ge nya insikter om rollerna för sammansättningen och den rumsliga organisationen av proteinnanomiljöer i regleringen av membranproteinfunktionen.

Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer).

Språk

Engelska

Huvudman, medverkande och finansiering
Skyddsvärde och etikprövning

Data innefattar personuppgifter

Nej

Metod och tidsperiod

Population

cellmembranreceptorer

Studiedesign

Experimentell studie

Geografisk täckning
Publikationer

Sortera på namn | Sortera efter år

A DNA nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments (preprint). Elena Ambrosetti, Giulio Bernardinelli, Ian Hoffecker, Leonard Hartmanis, View ORCID ProfileRickard Sandberg, Björn Högberg, Ana I. Teixeira doi: https://doi.org/10.1101/836049
DOI: https://doi.org/10.1101/836049

“A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments” E. Ambrosetti, G. Bernardinelli, I. T. Hoffecker, L. Hartmanis, G. Kiriako, A. de Marco, R. Sandberg, B. Högberg, A. I. Teixeira. Nat. Nanotechnol. 2020.
DOI: https://doi.org/10.1038/s41565-020-00785-0

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Dataset
A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments

Ladda ner data

Tillhörande dokumentation

Beskrivning

Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer).

Mjukvaror för datainsamling:
Biacore T200 System Control software, NextSeq control software


Mjukvaror för dataanalys:
BIAevaluation v3.0, GraphPad Prism v8.2.1, Fiji ImageJ v1.0, Illumina Sequencing Analysis Viewer software, Python v3.8.0.

Version 1

Citering

Elena Ambrosetti. Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik - Avdelningen för biomaterial (2021). <em>A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments</em>. Svensk nationell datatjänst. Version 1. <a href="https://doi.org/10.5878/jvvj-1688">https://doi.org/10.5878/jvvj-1688</a>

Ladda ner citering

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Text

Stillbild

Övrigt

Skapare/primärforskare

Elena Ambrosetti - Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik - Avdelningen för biomaterial

Nyckelord

nanodeep

Datainsamling

  • Insamlingsmetod: Mätningar och tester
  • Tidsperiod(er) för datainsamling: 2017-05-01–2020-07-15
  • Datakälla: Biologiska prover
Publicerad: 2021-06-24