Whole-genome sequencing of follicular thyroid carcinomas reveal recurrent mutations in microRNA processing subunit DGCR8

SND-ID: 2021-108

Beskrivning Data och dokumentation

Skapare/primärforskare

Christofer Juhlin - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi orcid

Johan Paulsson - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi

Beskrivning

Bakgrund
Det fullständiga genomiska och transkriptomiska landskapet i widely invasive follikulära tyreoideacancrar är ännu ej helt kartlagt och en stor andel av dessa tumörer har ingen identifierad driver. Målet med denna studie var att identifiera fler drivers.
Metod
Studien innefattar helgenom- och transkriptomsekvensering samt bioinformatiska analyser av 13 stycken fall av widely invasive follikulära tyreoideacancrar med parad normal vävnad.
Resultat
Tio av tretton tumörer visade mutationer i tyreoideacancer-relaterade gener, TERT (n=4), NRAS (n=3), HRAS, KRAS, AKT, PTEN, PIK3CA, MUTYH and MEN1 (n=1 each). MutSig2CV-analysen visade signifikant återkommande mutationer i FAM72D (n=3), TP53 (n=3), EIF1AX (n=3), och DGCR8 (n=2). Båda DGCR8-mutationerna var p.E518K missense som är en mutation som visats orsaka ärftlig multinodös struma genom dysreglering av mikro-RNA-maskineriet. Inga fler DGCR8-mutationer hittades i en utökad kohort av follikulära tumörer men expressionsanalys visade signifikant nedreglerad DGCR8-uttryck i maligna jämfört med benigna follikulära tumörer. Vidare visade kopieanta

... Visa mer..

Språk

Engelska

Huvudman, medverkande och finansiering

Forskningshuvudman

Karolinska Institutet

Medverkande

Yi Chen - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi

Sebastian DiLorenzo - Uppsala Universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi / Institutionen för cell- och molekylärbiologi

Nima Rafati - Uppsala Universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi / Institutionen för cell- och molekylärbiologi

Jan Zedenius - Karolinska Institutet, Institutionen för molekylär medicin och kirurgi orcid

Felix Haglund - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-Patologi

Skyddsvärde och etikprövning

Data innefattar personuppgifter

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter

Ja

Kodnyckel existerar

Ja

Etikprövning

Stockholm - dnr Dnr 2015/959-31

Metod

Population

Studien inkluderade 13 fall av patienter med follikulär tyreoideacancer. Samtliga fall diagnosticerades på Karolinska Universitetssjukhuset.

Studiedesign

Experimentell studie

Beskrivning av studiedesign

Helgenomsekvensering samt transkriptomsekvensering av 13 stycken tumörer med parad normal vävnad.

Studie kopplad till biobank

Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank

Namn på vetenskaplig samling/biobank:

Typ(er) av prov: tumörvävnad

Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Sverige

Publikationer
Dataset
Whole-genome sequencing of follicular thyroid carcinomas reveal recurrent mutations in microRNA processing subunit DGCR8

Tillhörande dokumentation

Beskrivning

Datasetet består av tabeller och listor med underliggande data samt kompletterande bilder, för ett manuskript skickat till "Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism". Det innehåller 8 tabeller och 3 bilder:

Filnamn: T1_Detailed-characteristics-of-the-study-cohort.csv
Innehåller "Table 1: Detailed characteristics of the study cohort." 

File name: T2_List-of-Somatic-SNVs.csv
Innehåller "Table 2: List of Somatic SNV's (Small nucleotide variants)." 

Filnamn: T3_MutSig2CV-input-genes.csv
Inn

... Visa mer..

Version 1

Citering

Christofer Juhlin, Johan Paulsson. Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi (2021). <em>Whole-genome sequencing of follicular thyroid carcinomas reveal recurrent mutations in microRNA processing subunit DGCR8</em>. Svensk nationell datatjänst. Version 1. <a href="https://doi.org/10.5878/6fcv-1795">https://doi.org/10.5878/6fcv-1795</a>

Ladda ner citering

Dataformat / datastruktur

Text

Stillbild

Skapare/primärforskare

Christofer Juhlin - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi orcid

Johan Paulsson - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi

Datainsamling

  • Insamlingsmetod: Mätningar och tester
  • Datakälla: Biologiska prover

Antal individer/objekt

13

Publicerad: 2021-06-24