Whole-genome sequencing of follicular thyroid carcinomas reveal recurrent mutations in microRNA processing subunit DGCR8

Bakgrund
Det fullständiga genomiska och transkriptomiska landskapet i widely invasive follikulära tyreoideacancrar är ännu ej helt kartlagt och en stor andel av dessa tumörer har ingen identifierad driver. Målet med denna studie var att identifiera fler drivers.
Metod
Studien innefattar helgenom- och transkriptomsekvensering samt bioinformatiska analyser av 13 stycken fall av widely invasive follikulära tyreoideacancrar med parad normal vävnad.
Resultat
Tio av tretton tumörer visade mutationer i tyreoideacancer-relaterade gener, TERT (n=4), NRAS (n=3), HRAS, KRAS, AKT, PTEN, PIK3CA, MUTYH and MEN1 (n=1 each). MutSig2CV-analysen visade signifikant återkommande mutationer i FAM72D (n=3), TP53 (n=3), EIF1AX (n=3), och DGCR8 (n=2). Båda DGCR8-mutationerna var p.E518K missense som är en mutation som visats orsaka ärftlig multinodös struma genom dysreglering av mikro-RNA-maskineriet. Inga fler DGCR8-mutationer hittades i en utökad kohort av follikulära tumörer men expressionsanalys visade signifikant nedreglerad DGCR8-uttryck i maligna jämfört med benigna follikulära tumörer. Vidare visade kopieantalsanalys återkommande amplifiering av cytoband på kromosom 4, 6 och 10.
Konklusion
Sammanfattningsvis presenterar vi det fullständiga genomiska och transkriptomiska landskapet i widely invasive follikulära tyreoideacancrar och vi identifierade återkommande mutationer och kopieantalsförändringar som kan utgöra viktiga faktorer i tumörutvecklingen av dessa tumörer.

Datasetet består av tabeller och listor med underliggande data samt kompletterande bilder, för ett manuskript skickat till "Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism". Det innehåller 8 tabeller och 3 bilder:

Filnamn: T1_Detailed-characteristics-of-the-study-cohort.csv
Innehåller "Table 1: Detailed characteristics of the study cohort." 

File name: T2_List-of-Somatic-SNVs.csv
Innehåller "Table 2: List of Somatic SNV's (Small nucleotide variants)." 

Filnamn: T3_MutSig2CV-input-genes.csv
Innehåller "Table 3: MutSig2CV input genes." 

Filnamn: T4_MutSig2CV-genes-ranked-by-p-value.csv
Innehåller "Table 4: MutSig2CV genes ranked by p-value."

Filnamn: T5_Genes-in-copy-number-altered-minimal-region-of-amplification.csv
Innehåller "Table 5: List of genes in copy number altered minimal region of amplification." 

Filnamn: T6_Aberrant-cell-fraction-and-ploidy-as-determined-by-ASCAT.csv
Innehåller "Table 6: Aberrant cell fraction and ploidy as determined by ASCAT." 

Filnamn: T7_High-confidence-structural-variations-in-the-tumor-cohort.csv
Innehåller "Table 7: List of high-confidence structural variations in the tumor cohort." 

Filnamn: T8_Significant-differentially-expressed-genes-in-tumor-vs-normal-thyroid.csv
Innehåller "Table 8: List of significant differentially expressed genes in tumor versus normal thyroid."

Filnamn: List_of_variables.pdf
Innehåller Variabellista med metadata och förkortningsuttydningar för Table 1-8.

Filnamn: Whole-genome-sequencing-follicular-thyroid-carcinomas_Figures.pdf
Innehåller Supplementary Figure S1-S3:
- Supplementary Figure S1: Somatic mutational overview in the WGS cohort. 
- Supplementary Figure S2: Normalized DGCR8 mRNA expression in tumours with or without loss of heterozygosity (LOH) of the DGCR8 locus. 
- Supplementary Figure S3: a Gene set enrichment analysis (GSEA). Visa mindre..