Katt mikroRNA transkriptom i helblod hos 6 friska katter och hos 6 katter med hypertrofisk kardiomyopati

SND-ID: 2021-334

Skapare/primärforskare

Sofia Hanås - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för kliniska vetenskaper orcid

Julie Lorent - Science for Life Laboratory

Åsa Ohlsson - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för husdjursgenetik

Beskrivning

Mål att karaktärisera differentially expressed miRNAs mellan friska Norska skogkatter och friska huskatter, samt jämföra med katter med hypertrofisk kardiomyopati (HCM).
Sex kastrerade friska katter, tre huskatter (DOM) -hanar och en han- och två norska skogkatter (NF)-honkatter inkluderades. Varje frisk katt matchades (ras, kön, ålder, kroppsvikt och body condition score) med en katt med HCM.
Datasetet innehåller miRDeep2 rapporten, counts för miRNAs, differentially expressed miRNAs för de kontraster som jämförts i DESeq2, human och felina target gener som producerar messenger RNA (mRNA) och gene ontologi analys (GO) för dessa 12 katter.

Språk

Engelska

Huvudman, medverkande och finansiering

Forskningshuvudman

Sveriges lantbruksuniversitet

Diarienummer hos huvudman

SLU.kv.2021.4.4-197

Finansiering 1

  • Finansiär: Agria och SKK Forskningsfond
  • Diarienummer hos finansiär: Projektnummer N2013-0025, P2014-0014, P2015-0004 och P2016-0003.
  • Projektnamn på ansökan: Felina cirkulerande biomarkörer för hjärtsjukdom hos katt

Finansiering 2

  • Finansiär: Sällskapsdjurens Research Fund
  • Projektnamn på ansökan: Cirkulerande biomarkörer hos katter med och utan hjärtsjukdom

Finansiering 3

  • Finansiär: Svelands forskningsfond
  • Projektnamn på ansökan: Cirkulerande biomarkörer hos katter med hjärtsjukdom

Finansiering 4

  • Finansiär: Stiftelsen Strömsholms Djursjukvård
  • Projektnamn på ansökan: Cirkulerande biomarkörer hos katter med och utan hjärtsjukdom
Skyddsvärde och etikprövning

Data innefattar personuppgifter

Nej

Etikprövning

Uppsala - dnr C137/13

Metod och tidsperiod

Population

12 katter, 2 raser 6 katter av varje ras (norska skogkatter och huskatter), inom varje ras 3 friska och tre katter med hypertrofisk kardiomyopati (HCM)

Studiedesign

Observationsstudie

Beskrivning av studiedesign

Sex kastrerade friska katter, tre korthåriga huskatter hanar (DSH) och en han- och två norska skogkatter (NF)-honkatter valdes ut och matchades med avseende på ras, kön, ålder och kroppsvikt med en katt med preklinisk hypertrofisk kardiomyopati (HCM). En av de friska DSH-katterna matchades med en långhårig huskatt (DLH), och därför kallas DSH och DLH för domestic (DOM) för katter med HCM. Inklusionskriterier var uppenbarligen friska NF, och DSH-katter, 1–14 år, med normala ekokardiogram inkluderades, liksom katter av dessa två rasgrupper med preklinisk HCM. Diagnos av HCM baserades på karakteristiska fynd på ett ekokardiogram. Inga katter som fick medicinsk behandling fick delta i studien.

Urvalsmetod

Övrigt
Totalt RNA extraherades från WB, filtrerades för små RNA och sekvenserades. Identifiering och förutsägelse av miRNA utfördes med miRDeep2. Differentiell uttrycksanalys av miRNA utfördes med DESeq2. Effekten av rasen utvärderades för friska katter. Effekten av preklinisk HCM utvärderades för alla katter och inom rasen. IntaRNA och miRDB användes för målförutsägelse och DAVID för utvärdering av genontologi och genberikning.
Geografisk täckning
Publikationer
Dataset
Katt mikroRNA transkriptom i helblod hos 6 friska katter och hos 6 katter med preklinisk hypertrofisk kardiomyopati

Ladda ner data

Tillhörande dokumentation

Beskrivning

Helblod samlades i PAXgene blod RNA System infryst och lagrat i -20 °C fram till datumet för RNA-extraktion med en median lagringstid på 177 dagar. Total RNA extraherades. Prover med ett RNA-integritetsnummer (RIN)-värde på 7,7 eller högre inkluderades i studien. Bibliotek förbereddes och kvantifierades och normaliserades före sekvensering. Parade sekvensdata genererades. Bioformatisk databearbetning och räkningsgenerering av kända och nya miRNA hos katter identifierades med hjälp av miRDeep2. M

... Visa mer..

Version 1

Citering

Sofia Hanås, Julie Lorent, Åsa Ohlsson. Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för kliniska vetenskaper (2022). Katt mikroRNA transkriptom i helblod hos 6 friska katter och hos 6 katter med preklinisk hypertrofisk kardiomyopati. Svensk nationell datatjänst. Version 1. https://doi.org/10.5878/ex7j-1q61

Ladda ner citering

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Text

Övrigt

Skapare/primärforskare

Sofia Hanås - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för kliniska vetenskaper orcid

Julie Lorent - Science for Life Laboratory

Åsa Ohlsson - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för husdjursgenetik

Datainsamling

  • Insamlingsmetod: Mätningar och tester
  • Tidsperiod(er) för datainsamling: 2014-12-04–2016-06-13
  • Datakälla: Forskningsdata

Variabler

6

Antal individer/objekt

12

Publicerad: 2022-01-07