Skapare/primärforskare
Sofia Hanås
- Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för kliniska vetenskaper
Julie Lorent - Science for Life Laboratory
Åsa Ohlsson - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för husdjursgenetik
Beskrivning
Sex kastrerade friska katter, tre huskatter (DOM) -hanar och en han- och två norska skogkatter (NF)-honkatter inkluderades. Varje frisk katt matchades (ras, kön, ålder, kroppsvikt och body condition score) med en katt med HCM.
Datasetet innehåller miRDeep2 rapporten, counts för miRNAs, differentially expressed miRNAs för de kontraster som jämförts i DESeq2, human och felina target gener som producerar messenger RNA (mRNA) och gene ontologi analys (GO) för dessa 12 katter.
Språk
Engelska
Forskningshuvudman
Diarienummer hos huvudman
SLU.kv.2021.4.4-197
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för kliniska vetenskaper
Data innefattar personuppgifter
Nej
Etikprövning
Uppsala - dnr C137/13
Analysenhet
Population
12 katter, 2 raser 6 katter av varje ras (norska skogkatter och huskatter), inom varje ras 3 friska och tre katter med hypertrofisk kardiomyopati (HCM)
Studiedesign
Observationsstudie
Beskrivning av studiedesign
Sex kastrerade friska katter, tre korthåriga huskatter hanar (DSH) och en han- och två norska skogkatter (NF)-honkatter valdes ut och matchades med avseende på ras, kön, ålder och kroppsvikt med en katt med preklinisk hypertrofisk kardiomyopati (HCM). En av de friska DSH-katterna matchades med en långhårig huskatt (DLH), och därför kallas DSH och DLH för domestic (DOM) för katter med HCM. Inklusionskriterier var uppenbarligen friska NF, och DSH-katter, 1–14 år, med normala ekokardiogram inkluderades, liksom katter av dessa två rasgrupper med preklinisk HCM. Diagnos av HCM baserades på karakteristiska fynd på ett ekokardiogram. Inga katter som fick medicinsk behandling fick delta i studien.
Urvalsmetod
Ladda ner data
Tillhörande dokumentation
Beskrivning
Helblod samlades i PAXgene blod RNA System infryst och lagrat i -20 °C fram till datumet för RNA-extraktion med en median lagringstid på 177 dagar. Total RNA extraherades. Prover med ett RNA-integritetsnummer (RIN)-värde på 7,7 eller högre inkluderades i studien. Bibliotek förbereddes och kvantifierades och normaliserades före sekvensering. Parade sekvensdata genererades. Bioformatisk databearbetning och räkningsgenerering av kända och nya miRNA hos katter identifierades med hjälp av miRDeep2. M
... Visa mer..Version 1
https://doi.org/10.5878/ex7j-1q61
Citering
Ladda ner citering
Dataformat / datastruktur
Numeriska
Text
Övrigt
Skapare/primärforskare
Sofia Hanås
- Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för kliniska vetenskaper
Julie Lorent - Science for Life Laboratory
Åsa Ohlsson - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för husdjursgenetik
Variabler
6
Antal individer/objekt
12