Agilent genuttryck microarray rådata för STO-3

SND-ID: 2021-340

Skapare/primärforskare

Annelie Johansson - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi orcid

Linda Lindström - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi orcid

Beskrivning

Agilent microarray data genererades 2014 för primära brösttumörer i den kliniska studien STO-3 för postmenopausala lymfkörtelnegativa patienter med tumörer mindre än eller lika med 30 mm.

En utförligare beskrivning finns i den engelska versionen av katalogposten.

Språk

Engelska

Huvudman, medverkande och finansiering
Skyddsvärde och etikprövning

Data innefattar personuppgifter

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter

Ja

Typ av personuppgifter

Pseudonymiserade uppgifter

Kodnyckel existerar

Ja

Etikprövning

Stockholm - dnr 2017/2066-32, 97-451, 76-51.

STO-3 studien godkändes av Karolinska Institutet etikkommitte och deltagarna gav muntligt samtycke. Studien genomfördes vid Regionalt cancercentrum Stockholm-Gotland, Sverige, och startade 1976.

Metod och tidsperiod

Population

Bröstcancerpatienter diagnostiserade i Stockholm 1976-1990

Studiedesign

Randomiserad kontrollerad studie (RCT)

Studie kopplad till biobank

Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank

Namn på vetenskaplig samling/biobank:

Typ(er) av prov: formalin-fixerad paraffin-inbäddade (FFPE) primära brösttumörer

Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Stockholms län

Publikationer

Johansson & Lindström et al., Clinical and Molecular Characteristics of ER-Positive Ultralow Risk Breast Cancer Tumors Identified by the 70-Gene Signature, International Journal of Cancer, 2022
DOI: https://doi.org/10.1002/ijc.33969

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Dataset
Agilent genuttryck microarray rådata för STO-3

Beskrivning

Datasetet består av en tabell i en (1) txt-fil innehållande: Genuttrycksdata (Agilent custom 32K microarray) genererat år 2014 för 652 primära tumörer från STO-3 studien. Variablerna är de 31195 sonder som ingår i den Alilent microarray vilken använts för att generera datasetet.
Filnamn: STO3_Agilent_microarray_gMeanSignals_652.txt

De 31195 sonder som ingår i den Alilent microarray vilken använts för att generera datasetet finns listade och mappade till gen-namn i en annotationsfil.
Filnamn ann

... Visa mer..

Version 1

Citering

Annelie Johansson, Linda Lindström. Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi (2022). Agilent genuttryck microarray rådata för STO-3. Svensk nationell datatjänst. Version 1. https://doi.org/10.5878/3vxa-3c28

Ladda ner citering

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Skapare/primärforskare

Annelie Johansson - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi orcid

Linda Lindström - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi orcid

Datainsamling

  • Insamlingsmetod: Registerutdrag och/eller tillgång till prov i biobank
  • Tidsperiod(er) för datainsamling: 2013–2014
  • Datakälla: Biologiska prover

Variabler

31195

Antal individer/objekt

652

Publicerad: 2022-03-02