Agilent genuttryck microarray rådata för STO-3

SND-ID: 2021-340

Skapare/primärforskare

Annelie Johansson - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi orcid

Linda Lindström - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi orcid

Beskrivning

Agilent microarray data genererades 2014 för primära brösttumörer i den kliniska studien STO-3 för postmenopausala lymfkörtelnegativa patienter med tumörer mindre än eller lika med 30 mm.

En utförligare beskrivning finns i den engelska versionen av katalogposten.

Språk

Engelska

Huvudman, medverkande och finansiering

Forskningshuvudman

Karolinska Institutet

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för onkologi-patologi

Skyddsvärde och etikprövning

Data innefattar personuppgifter

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter

Ja

Typ av personuppgifter

Pseudonymiserade uppgifter

Kodnyckel existerar

Ja

Etikprövning

Stockholm - dnr 2017/2066-32, 97-451, 76-51.

STO-3 studien godkändes av Karolinska Institutet etikkommitte och deltagarna gav muntligt samtycke. Studien genomfördes vid Regionalt cancercentrum Stockholm-Gotland, Sverige, och startade 1976.

Metod och tidsperiod

Population

Bröstcancerpatienter diagnostiserade i Stockholm 1976-1990

Studiedesign

Randomiserad kontrollerad studie (RCT)

Studie kopplad till biobank

Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank

Namn på vetenskaplig samling/biobank:

Typ(er) av prov: formalin-fixerad paraffin-inbäddade (FFPE) primära brösttumörer

Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Stockholms län

Publikationer

Johansson & Lindström et al., Clinical and Molecular Characteristics of ER-Positive Ultralow Risk Breast Cancer Tumors Identified by the 70-Gene Signature, International Journal of Cancer, 2022
DOI: https://doi.org/10.1002/ijc.33969

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Dataset
Agilent genuttryck microarray rådata för STO-3

Beskrivning

Datasetet består av en tabell i en (1) txt-fil innehållande: Genuttrycksdata (Agilent custom 32K microarray) genererat år 2014 för 652 primära tumörer från STO-3 studien. Variablerna är de 31195 sonder som ingår i den Alilent microarray vilken använts för att generera datasetet.
Filnamn: STO3_Agilent_microarray_gMeanSignals_652.txt

De 31195 sonder som ingår i den Alilent microarray vilken använts för att generera datasetet finns listade och mappade till gen-namn i en annotationsfil.
Filnamn ann

... Visa mer..

Version 1

Citering

Annelie Johansson, Linda Lindström. Karolinska Institutet (2022). Agilent genuttryck microarray rådata för STO-3. Svensk nationell datatjänst. Version 1. https://doi.org/10.5878/3vxa-3c28

Ladda ner citering

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Skapare/primärforskare

Annelie Johansson - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi orcid

Linda Lindström - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi orcid

Datainsamling

  • Insamlingsmetod: Registerutdrag och/eller tillgång till prov i biobank
  • Tidsperiod(er) för datainsamling: 2013–2014
  • Datakälla: Biologiska prover

Variabler

31195

Antal individer/objekt

652

Publicerad: 2022-03-02