Agilent genuttryck microarray rådata för STO-3

SND-ID: 2021-340-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/3vxa-3c28

Lägg till förfrågan om data

Tillhörande dokumentation

List_of_probes_STO3_Agilent_microarray_gMeanSignals_652.txt (711.31 KB)

Citering

Skapare/primärforskare

Annelie Johansson - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi

Linda Lindström - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi

Forskningshuvudman

Karolinska Institutet - Institutionen för onkologi-patologi

Beskrivning

Agilent microarray data genererades 2014 för primära brösttumörer i den kliniska studien STO-3 för postmenopausala lymfkörtelnegativa patienter med tumörer mindre än eller lika med 30 mm.

En utförligare beskrivning finns i den engelska versionen av katalogposten.

Datasetet består av en tabell i en (1) txt-fil innehållande: Genuttrycksdata (Agilent custom 32K microarray) genererat år 2014 för 652 primära tumörer från STO-3 studien. Variablerna är de 31195 sonder som ingår i den Alilent microarray vilken använts för att generera datasetet.
Filnamn: STO3_Agilent_microarray_gMeanSignals_652.txt

De 31195 sonder som ingår i den Alilent microarray vilken använts för att generera datasetet finns listade och mappade till gen-namn i en annotationsfil.
Filnamn annotationsfil: List_of_probes_STO3_Agilent_microarray_gMeanSignals_652.txt

Data innefattar personuppgifter

Data innehåller känsliga personuppgifter

Typ av personuppgifter

Pseudonymiserade uppgifter

Kodnyckel existerar

Språk

Engelska

Metod och utfall

Population

Bröstcancerpatienter diagnostiserade i Stockholm 1976-1990

Studiedesign

Randomiserad kontrollerad studie (RCT)

Studie kopplad till biobank

Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank

Namn på vetenskaplig samling/biobank: Biobank Sverige, Stockholm tamoxifenstudierna (STO)

Typ(er) av prov: formalin-fixerad paraffin-inbäddade (FFPE) primära brösttumörer

Variabler

31195

Antal individer/objekt

652

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Datainsamling

Insamlingsmetod: Registerutdrag och/eller tillgång till prov i biobank
Tidsperiod(er) för datainsamling: 2013 – 2014
Datakälla: Biologiska prover

Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Stockholms län

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för onkologi-patologi

Etikprövning

Stockholm - dnr 2017/2066-32, 97-451, 76-51.

STO-3 studien godkändes av Karolinska Institutet etikkommitte och deltagarna gav muntligt samtycke. Studien genomfördes vid Regionalt cancercentrum Stockholm-Gotland, Sverige, och startade 1976.

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Genetik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Cancer och onkologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Nyckelord

Brösttumörer, Tamoxifen, Genuttryck, Klinisk prövning [publikationstyp]

Publikationer

Johansson & Lindström et al., Clinical and Molecular Characteristics of ER-Positive Ultralow Risk Breast Cancer Tumors Identified by the 70-Gene Signature, International Journal of Cancer, 2022
DOI: https://doi.org/10.1002/ijc.33969

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.