ACROBAT - ett multi-infärgat histologiskt dataset från rutindiagnostik av bröstcancer skannat med WSI för digital patologi

SND-ID: 2022-190

Alternativ titel

ACROBAT

Skapare/primärforskare

Mattias Rantalainen - Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik orcid

Johan Hartman - Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi orcid

Beskrivning

ACROBAT-databasen består av 4212 mikroskopibilder (whole-slide-image, WSI) från 1153 kvinnliga primära bröstcancerpatienter. WSIs i datasetet finns tillgängliga i 10X förstoring och visar vävnadsssnitt från bröstcancerresektionsprover som infärgats med hematoxylin och eosin (H&E) eller immunhistokemi (IHC). För varje patient finns en WSI av H&E-färgad vävnad och minst en och upp till fyra WSI av motsvarande vävnad som infärgats med de diagnostiska rutininfärgningarna ER, PGR, HER2 och KI67. Datasetet skapades som en del av CHIME-studien (chimestudy.se) och dess primära syfte var att underlätta ACROBAT WSI registration challenge (acrobat.grand-challenge.org). De histopatologiska preparaten kommer från rutinarbetsflödet inom den diagnostiska patologin och digitaliserades för forskningsändamål vid Karolinska Institutet (Stockholm, Sverige). Skapandet av bilderna liknar det rutinmässiga arbetsflödet för digitalisering av patologibilder, med hjälp av tre olika Hamamatsu WSI-skannrar, närmare bestämt en NanoZoomer S360 och två NanoZoomer XR. WSI:erna i detta dataset åtföljs av en datatabell med en r

... Visa mer..

Språk

Engelska

Huvudman, medverkande och finansiering

Forskningshuvudman

Karolinska Institutet

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik

Medverkande

Leena Latonen - Östra Finlands universitet, Institute of Biomedicine orcid

Constance Boissin - Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik orcid

Yanbo Feng - Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik orcid

Philippe Weitz - Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik orcid

Dusan Rasic - Sjællands universitetshospital, Patologiafdelingen orcid

... Visa mer..

Finansiering 1

  • Finansiär: Vetenskapsrådet rorId

Finansiering 2

  • Finansiär: ERA PerMed
  • Diarienummer hos finansiär: ERAPERMED2019-224-ABCAP
  • Projektnamn på ansökan: Advancing Breast Cancer histopathology towards AI-based Personalised medicine

Finansiering 3

  • Finansiär: Cancerfonden rorId
Skyddsvärde och etikprövning

Data innefattar personuppgifter

Nej

Etikprövning

Stockholm - dnr 2017/2106-31

Tillägg: 2018/1462-32

Metod och tidsperiod

Population

Anonymiserade kvinnliga patienter med primär bröstcancer, från Stockholmsregionen

Studiedesign

Observationsstudie

Urvalsmetod

Se beskrivningen på engelska.

Tidsperiod(er) som undersökts

2012 – 2018

Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Stockholms län

Publikationer

Weitz, P. et al., (2022). ACROBAT -- a multi-stain breast cancer histological whole-slide-image data set from routine diagnostics for computational pathology. doi:10.48550/ARXIV.2211.13621
DOI: https://doi.org/10.48550/ARXIV.2211.13621

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Dataset
ACROBAT - ett multi-infärgat histologiskt dataset från rutindiagnostik av bröstcancer skannat med WSI för digital patologi

Beskrivning

Datasetet består av tre delmängder, tränings-, validerings- och testset, baserad på ACROBAT WSI registration challenge. Det finns 750 fall i utbildningssetet, för vart och ett av fallen finns en H&E WSI och en till fyra IHC WSI:er tillgängliga, med totalt 3406 WSI:er. Valideringssetet består av 100 fall med totalt 200 WSI och testsetet av 303 fall med totalt 606 WSI. Både för validerings- och testsetet finns en H&E WSI samt en slumpmässigt utvald IHC WSI tillgänglig.

WSI:erna anonymiserades gen

... Visa mer..

Version 1

Citering

Mattias Rantalainen, Johan Hartman. Karolinska Institutet (2023). ACROBAT - ett multi-infärgat histologiskt dataset från rutindiagnostik av bröstcancer skannat med WSI för digital patologi. Svensk nationell datatjänst. Version 1. https://doi.org/10.48723/w728-p041

Ladda ner citering

Dataformat / datastruktur

Stillbild

Skapare/primärforskare

Mattias Rantalainen - Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik orcid

Johan Hartman - Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi orcid

Datainsamling

  • Beskrivning av insamlingsmetod: Arkiverade slides med vävnadsmaterial för klinisk rutindiagnostik skannades med hjälp av WSI-skannrar vid Karolinska Institutet.
  • Tidsperiod(er) för datainsamling: 2012–2018
  • Datainsamlare: Karolinska Institutet
  • Instrument: NanoZoomer S360 (Tekniskt/-a instrument) - Hamamatsu WSI-skanner
  • Instrument: NanoZoomer XR (Tekniskt/-a instrument) - Hamamatsu WSI-skanner

Antal individer/objekt

1153

Licens

Creative Commons  Erkännande 4.0 Internationell (CC BY 4.0)
Publicerad: 2023-01-02