Alternativ titel
ACROBAT
Skapare/primärforskare
Mattias Rantalainen
- Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik
Johan Hartman
- Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi
Beskrivning
ACROBAT-databasen består av 4212 mikroskopibilder (whole-slide-image, WSI) från 1153 kvinnliga primära bröstcancerpatienter. WSIs i datasetet finns tillgängliga i 10X förstoring och visar vävnadsssnitt från bröstcancerresektionsprover som infärgats med hematoxylin och eosin (H&E) eller immunhistokemi (IHC). För varje patient finns en WSI av H&E-färgad vävnad och minst en och upp till fyra WSI av motsvarande vävnad som infärgats med de diagnostiska rutininfärgningarna ER, PGR, HER2 och KI67. Datasetet skapades som en del av CHIME-studien (chimestudy.se) och dess primära syfte var att underlätta ACROBAT WSI registration challenge (acrobat.grand-challenge.org). De histopatologiska preparaten kommer från rutinarbetsflödet inom den diagnostiska patologin och digitaliserades för forskningsändamål vid Karolinska Institutet (Stockholm, Sverige). Skapandet av bilderna liknar det rutinmässiga arbetsflödet för digitalisering av patologibilder, med hjälp av tre olika Hamamatsu WSI-skannrar, närmare bestämt en NanoZoomer S360 och två NanoZoomer XR. WSI:erna i detta dataset åtföljs av en datatabell med en r
... Visa mer..Språk
Engelska
Forskningshuvudman
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik
Medverkande
Leena Latonen
- Östra Finlands universitet, Institute of Biomedicine
Constance Boissin
- Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik
Yanbo Feng
- Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik
Philippe Weitz
- Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik
Dusan Rasic
- Sjællands universitetshospital, Patologiafdelingen
Finansiering 1
-
Finansiär:
Vetenskapsrådet
Finansiering 2
- Finansiär: ERA PerMed
- Diarienummer hos finansiär: ERAPERMED2019-224-ABCAP
- Projektnamn på ansökan: Advancing Breast Cancer histopathology towards AI-based Personalised medicine
Finansiering 3
-
Finansiär:
Cancerfonden
Data innefattar personuppgifter
Nej
Etikprövning
Stockholm - dnr 2017/2106-31
Tillägg: 2018/1462-32
Analysenhet
Population
Anonymiserade kvinnliga patienter med primär bröstcancer, från Stockholmsregionen
Studiedesign
Observationsstudie
Urvalsmetod
Tidsperiod(er) som undersökts
2012 – 2018
Geografisk utbredning
Geografisk plats: Stockholms län
Forskningsområde
VETENSKAP OCH TEKNOLOGI, Informationsteknik
(CESSDA Topic Classification)
Medicinsk bildbehandling, Medicin och hälsovetenskap, Cancer och onkologi
(Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Weitz, P. et al., (2022). ACROBAT -- a multi-stain breast cancer histological whole-slide-image data set from routine diagnostics for computational pathology. doi:10.48550/ARXIV.2211.13621
DOI:
https://doi.org/10.48550/ARXIV.2211.13621
Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.
Ladda ner data
Beskrivning
Datasetet består av tre delmängder, tränings-, validerings- och testset, baserad på ACROBAT WSI registration challenge. Det finns 750 fall i utbildningssetet, för vart och ett av fallen finns en H&E WSI och en till fyra IHC WSI:er tillgängliga, med totalt 3406 WSI:er. Valideringssetet består av 100 fall med totalt 200 WSI och testsetet av 303 fall med totalt 606 WSI. Både för validerings- och testsetet finns en H&E WSI samt en slumpmässigt utvald IHC WSI tillgänglig.
WSI:erna anonymiserades gen
Version 1
https://doi.org/10.48723/w728-p041
Citering
Ladda ner citering
Dataformat / datastruktur
Stillbild
Skapare/primärforskare
Mattias Rantalainen
- Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik
Johan Hartman
- Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi
Antal individer/objekt
1153
Licens
