Bothriolepis (Placodermi, Arthrodira) från Iveragh-halvön (Irland) - CT-data, 3D-modeller, och fylogenetiska filer

SND-ID: 2022-247-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.57804/8y8t-kr41

Citering

Skapare/primärforskare

Vincent Dupret - Uppsala universitet orcid

Forskningshuvudman

Uppsala universitet - Institutionen för organismbiologi rorId

Beskrivning

Datasetet hänger samman med en studie av fossilt fiskmaterial från sydvästra Irland (Placodermi, Antiarchi; Givetian på Iveragh-halvön). Data består av SEM-elementkartläggning (avsnitt 1), datortomografiska bildstaplar och efterföljande arbetsfiler (dvs. segmentering, visualiseringsfiler, STL-filer och 3D PDF-filer; avsnitt 2-5), samt fylogenetiska analyser relaterade till släktet Bothriolepis som studerats i artikeln (avsnitt 6).
* Zoobank LSID för artikeln: urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F
* Zoobank LSID för taxon Bothriolepis dairbhrensis: urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E

Data som motsvarar artikeln

Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. In Press. The Bothriolepis (Placodermi, Antiarcha) material from the Valentia Slate Formation of the Iveragh Peninsula (middle Givetian, Ireland): morphology, evolutionary and systematic considerations, phylogenetic and palaeogeographic implications. PLOS ONE.
med LSID urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F
och arten Bothrio

... Visa mer..
Datasetet hänger samman med en studie av fossilt fiskmaterial från sydvästra Irland (Placodermi, Antiarchi; Givetian på Iveragh-halvön). Data består av SEM-elementkartläggning (avsnitt 1), datortomografiska bildstaplar och efterföljande arbetsfiler (dvs. segmentering, visualiseringsfiler, STL-filer och 3D PDF-filer; avsnitt 2-5), samt fylogenetiska analyser relaterade till släktet Bothriolepis som studerats i artikeln (avsnitt 6).
* Zoobank LSID för artikeln: urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F
* Zoobank LSID för taxon Bothriolepis dairbhrensis: urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E

Data som motsvarar artikeln

Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. In Press. The Bothriolepis (Placodermi, Antiarcha) material from the Valentia Slate Formation of the Iveragh Peninsula (middle Givetian, Ireland): morphology, evolutionary and systematic considerations, phylogenetic and palaeogeographic implications. PLOS ONE.
med LSID urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F
och arten Bothriolepis dairbhrensis Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Gzegorz Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg
med LSID urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E

består av följande filer:

1. Elementaranalys (SEM)
utrustning: Hitachi S–3600N svepelektronmikroskop (SEM); JPG-filerna är originalutdata.

2. Dataset från datortomografi
I London kördes datortomografi på materialet med ett Nikon HMX ST 225-system (Nikon Metrology, Leuven, Belgien), utrustat med ett reflektionsmål av volfram. Detaljerade inställningsfiler justerades för varje exemplar och finns angivna i den tillhörande dokumentationsfilen "S2 Table-scan properties.xlsx". Två exemplar krävde sammanfogning med hjälp av ett särskilt framtaget NHM-skript skrivet i Octave. I Oslo utfördes skanningen med ett Nikon Metrology XT H 225 ST mikrofokus CT-instrument vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, med 160-220 kV, 1 s exponeringstid, 3016 projektioner och med tennfilter av varierande tjocklek. Voxelupplösningen var 75 µm eller bättre. Detaljerade inställningar finns även här angivna i den tillhörande dokumentationsfilen "S2 Table-scan properties.xlsx".

3. Materialise Mimics och Drishti-filer (segmentering)

4. STL-filer

5. 3D PDF-filer
I Mimics användes varje enskild struktur som motsvarar en mask för att generera ett högkvalitativt 3D-objekt, som i sig omvandlades till en STL-fil. Varje 3D-objekt duplicerades och positionerades om i 3D, och STL-filer genererades åter. STL-filerna importerades sedan till Materialise 3-matic (v. 15.0) och omorganiserades till anatomiska ensembler (huvud, fena, etc.) i både ursprungliga och korrekta positioner. Varje STL-yta förenklades sedan och korrigerades med hjälp av följande funktioner: "Filter Sharp Triangles" med filter distance 0,01; "Filter Small Edges" med filter distance 0,01; "Improve Mesh" med shape quality high/medium, maximum geometrical error 0,07 och maximal edge length 20,0. En 3D PDF-fil genererades till slut och öppnades i Adobe Acrobat för att ta bilder som används i figurer i den relaterade artikeln.

för följande exemplar
a. NMING:F35203-UU210ab_HQ
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständig lateralplatta och fragment av obestämd platta. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm.
Notera att i Mimics-projektfilerna för detta exemplar är µm av misstag angivet som måttreferens när det skall vara mm (millimeter). All annan bearbetning har skett med förutsättningarna att måttreferensen är i millimeter.

b. NMING:F35229-CH003
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Sammansättning av obestämd platta och obestämda asätande gastropoder. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm.

c. NMING:F35216-UU SFB001
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Proximalt segment av bröstfenan, med AVL och ledkondyl. [ORG] motsvarar plattor i ursprunglig position; [RELOC] motsvarar plattor som flyttats till livsläge. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm.

d. NHM P 59677 (komplett, ORG-slut RELOC-filer)
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständigt huvud (och endokraniella processer), ventralt kroppspansar och proximalt segment av bröstfenan. [ORG] motsvarar plattor i ursprunglig position; [RELOC] motsvarar plattor som flyttats till livsläge. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm.

e. NHM P 59678
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständiga laterala och obestämda plattor av en vuxen individ. Referenskubens kanter är 10 mm.

f. NHM P 59679
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Två obestämda fragment. Referenskubens kanter är 10 mm.

g. NHM P 59687
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Obestämda fragment och hålor. Referenskubens kanter är 10 mm.


6. taxon*karaktär-matriser med olika uppsättningar av analyser (läsbara i MESQUITE)


**LÄNKAR TILL ANVÄNDA VERKTYG**
MESQUITE (konstruktion av datamatris, visualisering)
https://www.mesquiteproject.org/
https://github.com/MesquiteProject/
Maddison, W. P. and D.R. Maddison. 2021. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 3.70 http://www.mesquiteproject.org

ZEPHYR (Mesquite-paket för interaktion med externa fylogeni-inferensprogram)
http://zephyr.mesquiteproject.org/
Maddison, D.R., & W.P. Maddison. 2021. Zephyr: a Mesquite package for interacting with external phylogeny inference programs. Version 3.20. http://zephyr.mesquiteproject.org

TNT (fylogenetisk analys)
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x
Goloboff, P.A., Farris, J.S. and Nixon, K.C. (2008), TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics, 24: 774-786. https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x

MATERIALISE MIMICS and 3-MATIC (segmentering, 3D-modellering):
https://www.materialise.com/en/healthcare/mimics-innovation-suite

DRISHTI (3D-visualisering):
https://github.com/nci/drishti
Ajay Limaye; Drishti: a volume exploration and presentation tool. Proc. SPIE 8506, Developments in X-Ray Tomography VIII, 85060X (October 17, 2012) Visa mindre..

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Metod och utfall

Dataformat / datastruktur

Datainsamling
Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk beskrivning: Valentia Slate Formation, Iveragh Peninsula, Irland

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för organismbiologi

Finansiering 1

  • Finansiär: Europeiska forskningsrådet (ERC) rorId
  • Diarienummer hos finansiär: ERC-2020-ADG 101019613

Finansiering 2

  • Finansiär: Knut och Alice Wallenbergs stiftelse rorId
Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Geologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Zoologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Övrig annan naturvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Publikationer

Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. 2023. The Bothriolepis (Placodermi, Antiarcha) material from the Valentia Slate Formation of the Iveragh Peninsula (middle Givetian, Ireland): morphology, evolutionary and systematic considerations, phylogenetic and palaeogeographic implications. PLOS ONE. 18(2): e0280208. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0280208
LSID urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F
DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0280208
URN: urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Publicerad: 2022-12-29
Senast uppdaterad: 2023-02-27