Tillbaka till sökresultat

Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress.

SND-ID: 2022-252

Skapare/primärforskare

Elsa Demes - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi orcid

Stéphane Verger - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi orcid

Beskrivning

Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade Arabidopsis thaliana-hypokotyler uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow).

Språk

Engelska

Huvudman, medverkande och finansiering

Forskningshuvudman

Sveriges lantbruksuniversitet

Diarienummer hos huvudman

SLU.genfys.2023.4.4.IÄ-2

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi

Finansiering 1

  • Finansiär: Vetenskapsrådet rorId
  • Diarienummer hos finansiär: 2020-03974
  • Projektnamn på ansökan: Starting grant

Finansiering 2

  • Finansiär: VINNOVA rorId
  • Diarienummer hos finansiär: 2016-00504

Finansiering 3

  • Finansiär: Bio4Energy

Finansiering 4

  • Finansiär: Knut och Alice Wallenberg Stiftelse rorId
  • Diarienummer hos finansiär: KAW 2016.0341 and KAW 2016.0352
Skyddsvärde och etikprövning

Data innefattar personuppgifter

Nej

Metod och tidsperiod

Arter och taxon

backtrav

Geografisk täckning
Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Cellbiologi, Utvecklingsbiologi, Växtbioteknologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Nyckelord

ablation, arabidopsis thaliana, mikrotubuli, hypokotyl

Publikationer
Dataset
Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress

Ladda ner data

Tillhörande dokumentation

Beskrivning

Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://zenodo.org/record/7436075#.Y5rmd-zMJF8).

Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack.

Version 1

Citering

Elsa Demes, Stéphane Verger. Sveriges lantbruksuniversitet (2023). Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress . Svensk nationell datatjänst. Version 1. https://doi.org/10.5878/62ed-8017

Ladda ner citering

Dataformat / datastruktur

Stillbild

3D

Skapare/primärforskare

Elsa Demes - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi orcid

Stéphane Verger - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi orcid

Datainsamling

  • Insamlingsmetod: Inspelning
  • Beskrivning av insamlingsmetod: Konfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjer
  • Instrument:
  • Datakälla: Forskningsdata, Biologiska prover
  • Tidsupplösning: 20 minut

Licens

Creative Commons Erkännande 4.0 Internationell (CC BY 4.0)

Kontakt för frågor om data

Stéphane Verger

Stephane.verger@umu.se

Denna resurs har följande relationer

Publicerad: 2023-02-24