Tillbaka till sökresultat

Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress.

SND-ID: 2022-252-1. Version: 2. DOI: https://doi.org/10.5878/17te-jg54

Ladda ner alla filer

2022-252-1-2.zip (~26.86 GB)

Citering

Skapare/primärforskare

Elsa Demes - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi orcid

Stéphane Verger - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi orcid

Forskningshuvudman

Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi rorId

Diarienummer hos huvudman

SLU.genfys.2023.4.4.IÄ-2

Beskrivning

Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow).

Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075).

Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack.

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Metod och utfall

Dataformat / datastruktur

Arter och taxon

Backtrav

Datainsamling
  • Insamlingsmetod: Inspelning
  • Beskrivning av insamlingsmetod: Konfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjer
  • Instrument: confocal microscope Zeiss LSM800 - Upright confocal microscope from Zeiss
  • Prov: GFP-MBD
    Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Marc et al., 1998) DOI: 10.1105/tpc.10.11.1927
  • Prov: mCit-MBD
    Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Armezzani et al., 2018) DOI: 10.1242/dev.162255
  • Prov: bot1-7 GFP-MBD
    GFP-MBD line crossed with bot1-7 a katanin mutant with impaired rearrangement of microtubules. (Uyttewaal et al., 2012) DOI: 10.1016/j.cell.2012.02.048
  • Prov: GFP-TUA6
    GFP fused to a tubulin subunit. (Ueda et al., 1999) https://doi.org/10.1007/BF01279267
  • Datakälla: Forskningsdata, Biologiska prover
  • Tidsupplösning: 20 minut
Geografisk täckning
Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi

Finansiering 1

  • Finansiär: Vetenskapsrådet rorId
  • Diarienummer hos finansiär: 2020-03974
  • Projektnamn på ansökan: Mechanics and dynamics of cell-to-cell adhesion in plants
  • Information om finansiering: Mekanik och dynamik av cell till cell adhesion i växter

Finansiering 2

  • Finansiär: VINNOVA rorId
  • Diarienummer hos finansiär: 2016-00504
  • Projektnamn på ansökan: UPSC Centre for Forest Biotechnology
  • Information om finansiering: UPSC Centrum för Skogsbioteknik (UPSC)

Finansiering 3

  • Finansiär: Bio4Energy

Finansiering 4

  • Finansiär: Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse rorId
  • Diarienummer hos finansiär: KAW 2016.0341

Finansiering 5

  • Finansiär: Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse rorId
  • Diarienummer hos finansiär: KAW 2016.0352
Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Cellbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Utvecklingsbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Växtbioteknologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Nyckelord

Ablation, Arabidopsis thaliana, Mikrotubuli, Hypokotyl

Publikationer
SND Logo

Versioner

Version 2. 2023-05-10

Version 2: 2023-05-10

DOI: https://doi.org/10.5878/17te-jg54

Filkonvertering: Filer för varje genotyp har lagts i en separat zipfil.

Data tillagda: Lade till "Pavement cells.zip" och uppdaterade dokumentation. Den första versionen av datamängden innehöll bilder från tidsserieexperiment förvärvade på hypokotyler av mikrotubuli reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler. Den andra versionen innehåller ytterligare bilder av en tidsserieexperiment på hjärtblad från en mikrotubuli reporterlinje efter att ha dödat några celler.

Version 1. 2023-02-24

Version 1: 2023-02-24

DOI: https://doi.org/10.5878/62ed-8017

Kontakt för frågor om data

Stéphane Verger

Stephane.verger@umu.se

Publicerad: 2023-05-10
Senast uppdaterad: 2023-11-16