Skapare/primärforskare
Isa Wallin Kihlberg
- Sveriges lantbruksuniversitet
Beskrivning
Syftet med studien var att undersöka diet hos svartmunnad smörbult i två olika områden i Östersjön under två år genom att använda två olika metoder.
Svartmunnad smörbult har samlats in genom ryssjefiske och nätfiske i maj och juni 2018-2019 i Karlskrona skärgård i södra Östersjön och på Åland i norra Östersjön. Datasetet innehåller data över diet hos svartmunnad smörbult, insamlat genom visuell dietanalys och DNA metabarcoding. Visuell dietanalys har gjorts genom dissektion och artbestämning av bytena till lägsta möjliga taxonomiska nivå, och sedan har vi både räknat byten/bytesgrupper och uppskattat deras relativa proportioner i varje prov. Vid DNA metabarcoding har vi använt oss av markören 12S för detektering av fiskarter i dieten, och markören COI för en uppskattning av proportionerna av fisk resp. ryggradslösa djur i dieten. DNA från smörbultarnas maginnehåll har amplifierats med PCR och sedan sekvenserats med Illumina MiSeq. Som output får man då antal sekvenser per bytesart, vilket ungefär motsvarar relativ biomassa per bytesart. Det gör att man kan jämföra ungefärliga dietproportioner
Språk
Engelska
Forskningshuvudman
Diarienummer hos huvudman
SLU.aqua.2023.4.4.IÄ-1
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för akvatiska resurser
Data innefattar personuppgifter
Nej
Etikprövning
Uppsala - dnr 5.8.18-07747/2018
Tidsperiod(er) som undersökts
2018-05-01 – 2018-06-30
2019-05-01 – 2019-06-30
Arter och taxon
neogobius melanostomus
Geografisk utbredning
Geografisk plats: Blekinge län, Åland, Östersjön
Geografisk beskrivning: I Blekinge har data samlats in på tre ställen i Karlskrona skärgård, strax utanför Karlskrona. På Åland har data samlats in dels inne i Västerhamn (Mariehamn, vid Elverket) och dels vid inloppet till Västerhamn, vid Lagneskär.
Forskningsområde
Ekologi
(Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Nyckelord
Ladda ner data
Tillhörande dokumentation
code_fish_diet_sessionInfo.txt
Metadata_10_data_ttest_rg_median_catch_1819_rev.tsv
Metadata_9_data_ttest_BMI_AL_1819.tsv
Metadata_8_data_ttest_BMI_KK_1819.tsv
Metadata_7_data_ttest_fish_KK_1819.tsv
Metadata_6_VSCA_prey_abund_vs_rg_catch.tsv
Metadata_4_RG_DNA_metabarcoding_FO.tsv
Metadata_5_DNA_seq_vs_rg_catch.tsv
Metadata_3_RG_DNA_metabarcoding_12S_2018_2019.tsv
... Visa mer..Beskrivning
1. Fil Diet_data_RG_no_zoopl_200520_csv_1 (används för RDA och plotten över relativa bytesproportioner i visuell dietanalys). 346 rader, 50 kolumner.
2. Fil rg_dna_comparison_VSCA_COI_csv_1 (används för plotten över proportioner av fisk respektive ryggradslösa djur i dieten baserat på visuell dietanalys och metabarcoding (COI)). 17 rader, 6 kolumner.
3. Fil RG_DNA_metabarcoding_12S_2018_2019_csv_1 (används för RDA och plotten över relativa bytesproportioner baserat på DNA metabarcoding (12S)
Version 1
https://doi.org/10.5878/m5m1-br15
Citering
Ladda ner citering
Dataformat / datastruktur
Numeriska
Skapare/primärforskare
Isa Wallin Kihlberg
- Sveriges lantbruksuniversitet