Proteomanalys av phycobiliprotein-antenner hos kryptofyt-algen Guillardia theta som odlades under olika ljusförhållanden

Skapare/primärforskare:

Thomas Kieselbach - Umeå universitet, Kemiska institutionen orcid

Christiane Funk - Umeå universitet, Kemiska institutionen

Beverley Green - University of British Columbia, Biological Sciences Building

Otilia Cheregi - Göteborgs universitet, Institutionen för biologi och miljövetenskap

Beskrivning:

Växter och alger har utvecklat olika ljusskördningsmekanismer för optimal leverans av excitationsenergi till fotosystemen. Kryptofytalger har utvecklat en ny löslig ljusuppsamlingsantenn som använder phycobilinpigment för att komplettera den membranlokaliserade Chl a / c-bindande LHC-antennen. Denna nya antenn består av den plastidkodade ß-subenheten, en relik från förfädernas phycobilisome och en ny kärnkodad α-underenhet som är unik för kryptofyter. Tillsammans bildar dessa proteiner den aktiva a1p · α2β-tetrameren.
I alla hittills undersökta kryptofytalger har a-subenheterna duplicerat och diversifierats till en stor genfamilj. Även om det finns transkriptionella bevis för expression av alla dessa gener, antyder de röntgenstrukturer som hittills bestämts att endast två av α-underenhetsgenerna uttrycks signifikant på proteinnivån.
Med proteomik visar vi att i phycoerythrin 545 (PE545) av Guillardia theta, den enda kryptofyten med ett sekvenserat genom, uttrycks alla 20 a-subenheter när algerna växer under vitt ljus. Uttrycksnivån för varje protein beror på intensiteten hos tillväxtljuset,

... Visa mer..

Ämnesområde:

Ansvarig institution/enhet:

Umeå universitet, Kemiska institutionen

Skapare/primärforskare:

Thomas Kieselbach - Umeå universitet, Kemiska institutionen orcid

Christiane Funk - Umeå universitet, Kemiska institutionen

Beverley Green - University of British Columbia, Biological Sciences Building

Otilia Cheregi - Göteborgs universitet, Institutionen för biologi och miljövetenskap

Identifierare:

SND-ID: EXT 1130

DOI: 10.6019/PXD006301

Beskrivning:

Växter och alger har utvecklat olika ljusskördningsmekanismer för optimal leverans av excitationsenergi till fotosystemen. Kryptofytalger har utvecklat en ny löslig ljusuppsamlingsantenn som använder phycobilinpigment för att komplettera den membranlokaliserade Chl a / c-bindande LHC-antennen. Denna nya antenn består av den plastidkodade ß-subenheten, en relik från förfädernas phycobilisome och en ny kärnkodad α-underenhet som är unik för kryptofyter. Tillsammans bildar dessa proteiner den aktiva a1p · α2β-tetrameren.
I alla hittills undersökta kryptofytalger har a-subenheterna duplicerat och diversifierats till en stor genfamilj. Även om det finns transkriptionella bevis för expression av alla dessa gener, antyder de röntgenstrukturer som hittills bestämts att endast två av α-underenhetsgenerna uttrycks signifikant på proteinnivån.
Med proteomik visar vi att i phycoerythrin 545 (PE545) av Guillardia theta, den enda kryptofyten med ett sekvenserat genom, uttrycks alla 20 a-subenheter när algerna växer under vitt ljus. Uttrycksnivån för varje protein beror på intensiteten hos tillväxtljuset,

... Visa mer..

Språk:

Engelska

Analysenhet:

Urvalsmetod:

Övrigt

Finansiering:

Artificial Leaf and Solar Fuel Project, KAW — dnr KAW 2011-0055

Energimyndigheten — dnr 2012-005889

Ämnesområde:

Kontakt för frågor om data:

Thomas Kieselbach

Ladda ner metadata:

Publikationer

Sortera på namn | Sortera efter år

Kieselbach T, Cheregi O, Green BR, Funk C. Proteomic analysis of the phycobiliprotein antenna of the cryptophyte alga Guillardia theta cultured under different light intensities. Photosynth Res. 2018 Mar;135(1-3):149-163. DOI:10.1007/s11120-017-0400-0
DOI: 10.1007/s11120-017-0400-0

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er).


Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Licens:

Creative Commons License

Phycobili-antennproteiner hos Guillardia theta

Skapare/primärforskare:

Thomas Kieselbach - Umeå universitet, Kemiska institutionen orcid

Christiane Funk - Umeå universitet, Kemiska institutionen

Beverley Green - University of British Columbia, Biological Sciences Building

Otilia Cheregi - Göteborgs universitet, Institutionen för biologi och miljövetenskap

Beskrivning:

I dataset ingår alla 45 rådatafiler från masspektrometrianalysen (LC-MS/MS) av de kulturer från algen Guillardia theta som undersöktes i studien. Dessa filer har Waters raw-format och kan processas med kommersiell mjukvara som t.ex. ProteinLynxGlobalServer 3.0 och Mascot Distiller 2.5. De alger som odlades under ljus med optimal intensitet analyserades i NL-serien. De alger som odlades under ljus med hög intensitet analyserades i HL-serien, och de alger som odlades under ljus med låg intensitet

... Visa mer..

Dataformat / datastruktur:

Text

Övrigt

Publicerad: 2019-11-25